各种干扰素药品的不良反应基本类似，如果是皮内或皮下注射，使用重组人干扰素α，有时会有严重的不良反应，可能会引起或加重致死性精神神经症状、自身免疫性疾病症状，以及感染性疾病。另外也可以引起流感样综合征，比如发热、寒战、头痛、四肢肌肉酸痛等，是干扰素最常见的副作用。
另外副作用还有谷丙转氨酶升高，以及骨髓移植出现贫血粒细胞减少、血小板减少等。有些患者会有疲劳、恶心、失眠、食欲不振等。有些患者会有皮疹、皮炎、脱发疹，甚至会加重，焦虑、抑郁等症状。
局部使用的凝胶栓剂、乳霜剂等，干扰素也会有不良反应。如果是栓剂，阴道内使用可能会出现下腹坠胀感、腰酸、白带增多、阴道刺痛感等，皮肤使用会有皮肤瘙痒灼烧感等。
因此，一般临床上肌内或皮下注射使用时，医生会定期复查血常规、肝肾功能等指标，会根据复查的指标给予对症处理。如果副作用比较轻微，比如皮疹、瘙痒、食欲不振、乏力等，一般无需要调整用药或停药，3-5日后各种症状会慢慢消失。
