荧光原位杂交技术可以检查很多种疾病，比如乳腺癌、肺癌、肉瘤等，这种方法只是一种生物试验的技术，其实不光是在人体中可以用，在很多动物、植物的检测试验中都可以应用，具体到常见的疾病诊断，最常用的肯定是肿瘤，尤其是恶性肿瘤。1、乳腺癌患者表皮生长因子受体-2的过表达情况，经常用到荧光原位杂交技术来做最终的判断；2、肺癌尤其是间变淋巴瘤积酶的突变情况，突变是否有融合；3、肉瘤有时候会用检测技术来进行很多肉瘤方面的检测，比如尤文肉瘤或者黏液脂肪肉瘤等等。总之，这种技术主要是用来检测有问题细胞的DNA，很多种疾病都可以用到这种技术，比如生殖遗传方面的疾病，包括21三体综合征、18三体综合征、13三体综合征等，这样的遗传性疾病往往都会用到这个技术。
