消化不良常见于疾病因素所致，根据病因可以分为器质性消化不良和功能性消化不良，此外药物因素、环境因素、生活方式等也可引起消化不良。
一、疾病因素
一、器质性消化不良
1、消化系统病变：包括反流性食管炎、食管癌等食管病变；胃十二指肠疾病（如慢性胃炎、急性胃炎）；肝脏疾病（如慢性肝炎、肝硬化）；胆道疾病；胰腺慢性疾病。
2、腹腔内疾患：各种腹内恶性肿瘤，肝、胆、肠道的黏连、肠系膜上动脉压迫综合征、肝-脾曲综合征等。
3、全身疾病：糖尿病、慢性肾炎、胶原病、心脏病、甲亢或甲减、进行性系统性硬皮病等。
二、功能性消化不良
1、Hp感染：Hp感染以后炎症反应直接损伤胃上皮细胞，影响正常消化吸收导致消化不良。
2、胃酸：胃酸在功能性消化不良病理生理机制中的作用未明，但抑酸治疗对少数患者确实可起到缓解消化不良症状的作用。
3、精神与应激：超50%以上的消化不良患者患有精神心理障碍，其症状的严重程度与抑郁、焦虑有关。
4、长期的饮酒、药物，刺激性食物:造成胃黏膜屏障功能减弱，化学损伤，胃黏膜不断的遭到破坏损伤引起正常的消化吸收。
二、药物因素
某些抗生素、止痛药和铁补充剂等会引起消化不良。
三、环境因素
温度变化：受凉后不注意腹部保暖，容易引起消化不良。
四、生活方式
不健康饮食习惯：如暴饮暴食、进食刺激食物、进食生冷不易消化食物等会刺激和侵蚀胃壁，使胃更容易受到消化液的伤害，胃黏膜不断的损伤引起消化不良。
