2208艇上所装备的武器有小口径舰炮、轻型防空导弹及反舰导弹，合理的使用将会对2208艇的作战产生极大的影响。
6管30毫米舰炮
2208艇首部装有一座6管30毫米速射舰炮，最大射程为8千米，对反舰导弹的拦截距离为3000米，主要用于近程反导防空，最高射速可达4500～5000发/分，对反舰导弹具有较高的拦截能力，对薄装甲防护的小型水面舰艇也具有很强的毁伤能力。
系统火控一般由艇上的雷达或光电探测器负责，在艇上的雷达及光电探测器发现目标后，对目标进行跟踪，并将目标数据传送至该炮的火控操纵台，当目标进入火炮的有效射程后，即可进行射击。经试验测试，该炮对单枚亚音速反舰导弹的拦截概率接近100%，而对2～3枚反舰导弹的拦截概率也在80%以上。
FSL-1轻型防空导弹
这是一种轻型舰载防空导弹系统，主要用于近距离对空防御。每座发射装置装有4枚导弹，导弹可以是被动红外制导也可是激光半主动制导，前者可作到发射后不管并可同时攻击多个来袭目标，而后者则抗干扰能力较强。导弹的最大射程达到8千米，最小射程500米，最小射高只有10米，飞行速度为2815千米/小时，可有效地拦截低空掠海飞行的反舰导弹。该系统的探测系统是艇上的光电探测器，在探测器探测到目标后，可快速将目标数据传输至导弹发射装置，导弹加电预热。
在使用红外弹时，弹上的红外探测器探测到目标后即可发射，红外探测器跟踪来袭目标的红外辐射信号，直至命中目标。在采用半主动激光制导时，则先由探测器中的激光照射器对目标进行跟踪照射，导弹则跟据激光束的引导跟踪直至命中目标。
C803反舰导弹
该弹是我国90年代末开始装备使用的一种新型中程反舰导弹，导弹掠海飞行时采用高亚音速飞行，接近目标时则进行超音速飞行，并可进行蛇形机动，以增加拦截的难度。导弹的最大射程在150千米以上，采用中段指令修正加末端主动雷达制导，具备扇面发射、发射后不管、超视距攻击及多目标攻击能力。
导弹弹长6.56米，翼展1.18米，弹径0.36米，全重830千克，战斗部为重165千克的半穿甲弹头，采用了延迟触发引信，单发命中率为95％以上。在作战时，首先通过外部信息探测系统或艇上装备的目标探测设备获得攻击目标所必要的数据信息，目标进入导弹有效射程后，可以3秒一枚的间隔时间发射全部8枚导弹。
导弹点火后，固体助推火箭启动，使导弹飞离导弹发射箱，几秒钟后，助推火箭与弹体分离，喷气发动机工作，使导弹速度达到1013千米/小时；导弹保持原设定航向平飞，中途可接收通过卫星传输的目标坐标数据，并可修改最初设定的攻击目标；距离目标10千米时，弹上的末制导雷达启动，对目标进行搜索并跟踪。
此时，弹上的油箱向发动机大量喷油，使导弹的飞行速度达到1689千米/小时的超音速，同时，导弹下降到距海面5米的高度进行掠海飞行，在距目标3千米时，导弹以25度俯冲角进入最后攻击阶段，在目标舰水线附近击中目标。
