“黑暗首领”假面博士在发明时光机器欢庆会上潜入实验室偷走了设计图，携同助手乌丫小姐在下水道开始了时光机的制造，准备制造一批“邪恶势力”回到过去，通过改变中国历史节点，达到称霸中华乃至世界的计划。
当知道这一计划之后，国家安全管理局与中国科学研究院立即成立时空管理局，负责阻止“假面博士”称霸计划的一切行动。为了保证历史不被人的私心破坏，只有正义善良，智慧出众，勇敢果断的小朋友才能完成这一重要任务。“时空特工”应运而生！时空小特工们不停辗转于各个历史时期与黑暗势力斗智斗勇，保卫历史。同时，龙院长还设计出了拥有极强力量和特殊能力金、木、水、火、土五种护卫参与护法战斗，当然这些护卫往往是利用历史名人的形象而改造，并且拥有相应的能力。
——感受华夏5000年的精彩
