主要故事基本相当于原作26话电视动画中的第一话（使徒、袭来）到第六话（决戦、第3新东京市）为止。但是过程中更改了相当多的地方和大量细节，很多地方有明显的3D特效运用。这段剧情我相信看这个帖子的人基本都很清楚，我只强调和以前有区别的地方。
一开始，不知道怎么回事情，大海已经跟以前的南极一样是红色的了，第三使徒サキエル来袭（之后打败它以后，在总结报告里叫它第四使徒，下面每个使徒的序号也向下顺序排了，打第三个出现的现在六号使徒的时候，碇司令说下面还要打八场）
碇真嗣到达空无一人的第三新东京，国联军开始攻击使徒，基本和原作开始一样，印象里不一样的地方是使徒没有抓大飞机发的大导弹，这次导弹象航空炸弹一样砸在它的头上。
葛城美里开车接碇真嗣，N2炸弹挡住了使徒，他们回到NERV基地，（NERV标志左下角有以前没有的一圈英文，GODIN HIS HEAVEN ALL'S RIGHT WITHTHE WORD，后面看到神秘组织SEELE也有了新的标志LOGO，三角形，左三右四七个眼睛，蛇）。然后是他们和RITSUKO博士的对面和父子的对面，感觉下面的对话好象比以前长，在电影院里看使徒轰击NERV总部的时候，感觉爆炸声很震撼。
1号机出动，出动过程比以前复杂，增加几个步骤。之后和使徒的对面和第一次暴走都与原作基本一致，但是下面是事情是直接根据过程叙述了，原作碇真嗣是昏迷的从病床上醒来，之后葛城美里告诉他过程。使徒死的时候先喷血再爆炸。
原作里第三话白色巨塔 的那段被忠实的保留了，在医院里的碇真嗣看见绫波丽的担架从面前走过的时候，医院里的广播仍然是“第一内科のウガイ先生、ウガイ先生、至急第一外科のアズマ先生までご连络ください”
葛城美里和碇真嗣回家竟然直接去LAWSON去买东西！（显然的广告！）下面更可怕，碇真嗣打开冰箱全是最近日本卖的那种金色易拉罐的YEBISU啤酒MALT，进入学校被人问是否是驾驶员的一段完全省略，上来直接挨揍，然后就是第四使徒シャムシエル（现在是第五使徒，和以前不太一样，胸前不是使徒核，而是看见大量肋骨并且不停的动）来袭。一上来，原作是1号机用步枪射击并导致了大量尘土，这次它用的是多管转轮的那种机枪而不是步枪，下面的战斗过程基本与原作一致。战斗结束，原作是1号机和使徒在夕阳的沉默。现在是1号机自己站在雨中，保持着之前的姿势。
下面是关于0号机恢复的过程和绫波丽之前受伤的补充说明，包括亲手救绫波丽的那段。之后是碇真嗣给绫波丽送新的卡片的那段（卡片变成黑的了，而且是IC卡了）和碇真嗣推倒萝莉的那段大家还记得吗？
第五使徒ラミエル（现在是第六使徒了）来袭，这次的八面体使徒和以前相比有很大变化，形状一样但是反光效果大大加强了。发射能量波的时候，晶体分开成各种形状，中间的使徒核发射火力，周围导弹什么的飞来，晶体还会变成各种形状进行阻挡，晶体自己变形成锥子钻NERV总部。1号机出击，遭狙击，后面不一样，葛城美里还发了个盾来抵挡，要求1号机继续打，但是使徒变形烧毁盾，葛城美里整个楼区降了下去收回了1号机。
下面是葛城美里和她的八岛作战，这次详细的描绘了整个作战的每个细节准备工作，出现了许多原作中没有出现的画面，他们怎么挤在小黑屋里开会，从哪拉的电线，那个阳电子炮是怎么拼装的，搞的很复杂。
和原作区别非常大的一点是，在这个时候，葛城美里就拉着碇真嗣看了地底下的那个东西，并且明确的告诉碇真嗣这个玩意是第二使徒リリス，明确的告诉碇真嗣这个玩意是使徒来袭和第二次冲击的原因,鼓励碇真嗣再次上阵玩命。而原作里到最后的几集，某男死了，葛城美里才开始怀疑，并且逼着赤木律子下到地下和碇真嗣看了那个东西和REI的复制品。
作战仍然是那个样子，但是过程不一样，0号机这次有一个专门的盾牌，原作里好象用的是一个航天飞机的底盘。在1号机射击前，NERV蓄意做了大量火力覆盖吸引使徒，1号机发炮并且打中或者至少蹭到使徒核，这个时候，使徒才还击，炮火效果让我想起了GUNDAM 08MS小队最后一集某人哥哥的MA，1号机被掀翻，碇真嗣自己很勇敢的爬起来拣枪准备做第二次射击，这个时候使徒第二次发炮，0号机才站出来给1号机提供保护，然后盾牌被打碎，0号机用身体抵挡攻击，1号机再次发炮，使徒被打爆，血流一地。
原作NERV在战前做各种实验测试使徒能力，开战前没做火力支持，直接1号机开炮，使徒马上还击，双方都没打中，1号机准备第二炮的时候，使徒开火，0号机防御，然后1号机第二炮打穿使徒，使徒的尸体在下面一集里清理了很长时间。
碇真嗣居然开着1号机居然用匕首打开了0号机挖出了0号机的座舱。下面就是那段著名的对话，我不知道那什么表情面对你，笑笑就好了。
最后的剧情很奇怪，月球，一列棺材，前面几个棺材盖子已经打开了，下面的一个棺材盖子打开，原作最后的人形使徒KAORU出现，他和碇真嗣的NO1对话，台词当时我听懂了，但是完全不明白什么意思，而现在，我却一点也想不起来了，后面他说他知道碇真嗣的事情并且期待着见面。
