主要区别是，意思不同、侧重表达不同、出处不同、用法不同，具体如下：
一、意思不同
1、五颜六色
形容色彩复杂或花样繁多。引申为各色各样。
2、五彩缤纷
表示颜色繁多，色彩绚丽，十分好看的样子。
二、侧重表达不同
1、五颜六色
色彩复杂，花样繁多。
2、五彩缤纷
色彩绚丽，颜色繁多。
三、出处不同
1、五颜六色
清·李汝珍《镜花缘》第十四回：“惟各人所登之云，五颜六色，其形不一。”
白话文：“只是各人所登的说，五颜六色，他的表现不一。”
2、五彩缤纷
清·吴趼人《二十年目睹之怪现状》：“铺设得五彩缤纷，当中摆了姊姊画的那一堂寿屏，两旁点着五六对青烛。”
白话文：“铺设得五彩缤纷，当中间摆了姐姐画的那一堂寿屏，两旁边点着五六对青烛。”
四、用法不同
1、五颜六色
联合式，作谓语、定语；。品种繁多。
2、五彩缤纷
主谓式，作谓语、宾语、定语。含褒义。
参考资料来源：百度百科-五颜六色
参考资料来源：百度百科-五彩缤纷
