华北环境保护督查中心内设6个机构，分别是：办公室（人事处）、督查一处、督查二处、督查三处、督查四处，督查五处。
办公室（人事处）：负责人事、财务、党务、会务、文电、机要、保密、安全、印章、档案、固定资产管理、电子政务、政务信息、后勤等综合性事务和综合协调工作。
督查一处：承担对地方执行国家环境保护政策、法规、标准情况的督查工作；承担国控污染源日常监督工作；承担环境执法后督察工作；参与全国环境保护执法检查和环境违法案件调查处理。
督查二处：承担主要污染物排放总量削减目标落实情况的核查工作；提出有关区域限批、流域限批、行业限批的建议；
督查三处：承担国家区域、流域、海域污染防治规划落实情况的督查和调度工作；承担重大环境污染与生态破坏案件的查办工作；承担或参与跨省界环境案件投诉受理与环境纠纷协调处理工作；参与环境执法稽查和排污收费稽查。
督查四处：承担国家审批建设项目“三同时”现场监督检查工作，提出关于验收的书面意见；参与重特大突发环境事件应急响应与处理及环境应急预测预警和损失评估；承担环境功能区、国家级自然保护区（风景名胜区、森林公园）及国家重要生态功能保护区环境执法情况的督查工作。
督查五处：承担农村环境保护和生态保护督查工作；承担环境功能区、国家级自然保护区（风景名胜区、森林公园）及国家重要生态功能保护区环境执法情况的督查检查工作；承担矿产资源开发及矿山生态修复的环保督查工作。
