益生菌主要的作用是对于便秘、腹泻以及肠功能紊乱的调节，益生菌用于便秘的患者，可以补充大量的生理性细菌，这些生理性细菌定植后可以产生有机酸，使肠腔内的pH值下降，调节肠道的正常蠕动，同时抑制腐败菌定植和生长，纠正便秘时的菌群失调，可以改善肠道微生态环境。同时有促进食物的消化吸收以及利用，减少体内腐败菌产生等多种作用，还可以改变粪便的性状，有利于粪便排出。对于防治肠麻痹，缓解腹胀以及便秘有很好的作用。另外，益生菌参与维生素的合成，蛋白质的代谢，能够增强机体的免疫力，抵抗外来病原菌的侵袭，纠正感染、腹泻而引起的肠道菌群失调，并且益生菌调整肠道微生态平衡，从而促进肠易激综合征患者紊乱的肠道细菌失衡，从而达到平衡。对改善肠易激患者的症状，具有一定的疗效，主要用于肠易激综合征的辅助治疗，在止泻药、导泻药或者胃肠解痉药的基础上，加用益生菌可以增强疗效。
