诺亚奥特曼最怕的三个怪兽：叶腐，黑暗扎基，还有号称宇宙最强怪物的卡拉法尔大帝。这三个反派拥有超强的战斗力，能让诺亚感到恐惧。卡拉法尔大帝号称是“宇宙最强怪兽”，其实力是要比诺亚奥特曼厉害许多的，是诺亚最怕的怪兽之一，不过至今为止这个宇宙最强的怪兽并没有现身过。传说光之国的创建者安西斯特奥特曼是能够打赢卡拉法尔大帝的，它也是唯一一个能够打败卡拉法尔大帝的奥特曼，而诺亚的实力是比安西斯特弱的，因此诺亚应该打不过卡拉法尔大帝。叶腐曾在奥特曼系列中出现过一次，是一个非常强大的怪兽，拥有不死之身，还能够在战斗中复制对手的技能，可以说是遇强则强，当初麦克斯奥特曼与其对战时就曾吃过大亏，这也让人们记住了这个怪兽的强大。在设定中，叶腐并没有弱点，就算诺亚与其对战胜率也是比较低的，因此也是诺亚最怕的三个怪兽之一。黑暗扎基是根据诺亚奥特曼为原型制作出来的，主要是用于消灭怪兽，属于生物兵器，因为具有自我而暴走。诺亚和黑暗扎基的实力不分上下，诺亚有的能力黑暗扎基也有，并且由于黑暗扎基暴走，非常不受控制，因此有时黑暗扎基的实力甚至比诺亚奥特曼还要高，所以诺亚也比较怕黑暗扎基。除了这三位以外诺亚还比较怕黑暗迪迦、阿布索留特之王、混沌原初这几个，这几个反派的实力也是非常厉害的！
