帕内塔顺利进入了五角大楼，但同时他也面临更多的挑战。第一个挑战是预算。这名政治老将被奥巴马选中的一个重要原因是他有丰富的预算削减经验。奥巴马4月份公开表示美国将在未来10年累计削减军费4000亿美元。所以，奥巴马需要一个既可以在议会中游刃有余，又可超脱于国防部各种利益的正派而有威望的资深人士。
对于这项艰巨的工作，帕内塔的优势不仅限于政治威望和预算工作经验，还在于他的年龄。73岁高龄的他历任中情局局长和国防部长，到达政治生涯顶峰。这使得他更能够放手进行改革。
帕内塔所面临的另一个挑战是久拖不决的反恐战争。乱局不断的阿富汗仍然是美国的心腹大患。另外，伊拉克撤军也没有像预想的那样顺利。虽然美国已经正式结束了在伊拉克的军事行动，但是暴力事件和抵抗武装发动的攻击依然层出不穷。在阿富汗、伊拉克乱局不断的同时，利比亚战事也将美国带入了第三场战争。这位没有任何军队指挥官任职经历的老者，成为了一位同时面对三场战争的美国国防部长。
帕内塔最早对中国问题的表态是在2010年。当时奥巴马政府降低了对中国的情报收集层级，从原来的最高优先层级（对象包括朝鲜、伊朗和基地组织）降到二级情报关切层级。当时帕内塔坚决表示反对。在今年2月众议院情报委员会举行的听证会上，作为中情局长身份出席的帕内塔就警告美国要小心中国、俄罗斯和伊朗等国对美发动“网络珍珠港事件”。因此，部分分析人士将其划为对华“鹰派”。然而在上任前的任命听证会上帕内塔却表示，美国必须和中国一起合作解决诸多问题，强调美中两军关系的“极其重要性”，美中两军要在近期取得的进展的基础上，改善军事对话的质量和提高军事交流的数量，这种表态较盖茨在香格里拉会议上对中国咄咄逼人的发言温和得多。
美国国防部发言人约翰·柯比2012年3月14日说，国防部长帕内塔当天早些时候访问阿富汗南部赫尔曼德省时遭遇险情。帕内塔的专机在降落时，险些遭遇一名阿富汗人高速驾驶汽车冲撞，但汽车最终掉入旱沟，帕内塔一行安然无恙。当前尚不清楚这名阿富汗人的动机。柯比说，军方搜查了这辆汽车，但并未发现爆炸物。帕内塔在专机降落后听取了关于此事的汇报。他的行程并未受到影响，整个访问团也无人受伤。军方说，他们尚未发现证据证明此人有袭击帕内塔一行的图谋。
