1999年，蓝导在大学中萌生雨石故事的构想，以剧本《平行世界的故事》为起点。
2003年7月，蓝导任教动画课程，组建学生剧组。9月，他完成了原作脚本《平行的世界》，更名《雨石》，并选定学生刘敏改编，同时在班上招募成员。9月26日，14人组成剧组，10月5日脚本完成，10月11日改编剧本完成。
剧组在10月针对《雨石》开展基础培训，缪红同学担任讲师，吸引了百人参与。11月，人员磨合，固定为20人，房彦飞加入担任原画监督。11月18日，306机房成为工作室。然而，人员流失和工作枯燥导致12月中旬剩下约15人，主要成员包括蓝导、刘敏等人。
2004年1月初，坚持的7人开始进行深入工作，1月8日进行整顿后，蓝导调整管理方式，1月17日进入寒假。2月9日，剧组恢复工作，进入冲刺期，2月23日首次展映反响良好。3月初，招新人并培训，共筛选约十几人加入。4月，第一批成员毕业，剧组聚会后，成员开始陆续离开，雨石制作进入低谷。
5月初，张凤成和蒋丽英加入义务工作，剧组活力恢复。5月后半月，新成员磨合出徒，雨石进入加速阶段。7月，主创队伍稳定为5人，L-KEY工作室成立。8月，部分毕业生帮助完成三维部分。10月，三维设计结束，姚春陵补完剩余部分，剧组面临商业动画考验。
11月，剧组迁至海鑫公寓，部分毕业生利用业余帮忙。同时，开始对外宣传并招募配音，团队面临制作挑战。12月，配音工作结束，12月17日开始录制，历经48小时。2006年2月，签订发行协议。4月，完成后期音效录制，5月16日，《雨石》网络发售，尽管非正式版，却标志着制作的里程碑。
